Jean-Baptiste Estienne naît le 7 novembre 1860 de l'union d'un père, - notaire, et maire de village, en plus d'être conseiller général de la Meuse -, et d'une mère, Marie Emma Nocas, sans profession.
Très tôt, le jeune Jean-Baptiste manifeste de bonnes dispositions pour les mathématiques, effectuant de brillantes études au collège de Saint-Dizier, puis au lycée de Bar-le-Duc.
A 19 ans, il est admis à l'école Polytechnique, d'où il sort en 1882, année où il remporte le premier prix d'un concours national de mathématiques.
Intéressé par les mathématiques et la philosophie, il se passionne surtout pour l'Antiquité grecque.
En 1883, il choisit l'artillerie à sa sortie de Polytechnique.
Il entre comme sous-lieutenant à l'école d'application de l'arme à Fontainebleau.
Il en sort deux ans plus tard, avec le grade de lieutenant ; il est affecté au 25e Régiment d'Artillerie à Vannes.
Outre son activité professionnelle, il étudie la balistique, et publie son premier ouvrage, "Erreurs d’observation", qu’il présente à l'académie des sciences.
Il se fait le défenseur de la technique du tir balistique (indirect) par l'artillerie.
Il épouse Camille Jacquot le 14 octobre 1885.
Promu capitaine au 1er Régiment d'Artillerie en 1891, il commence à développer, à l'atelier de Bourges, des instruments télémétriques de pointage, tel le goniomètre, qui permettront de mettre en pratique ses théories.
Il publie en 1895 un second ouvrage : "L’Art de conjecturer".
En 1902, il est muté, en qualité de chef d'escadron de l'atelier de précision, au 19e Régiment d'Artillerie. Il continue toutefois ses travaux théoriques à la section d'artillerie de Paris.
Il met également au point divers instruments de précision, comme le télémètre phonétique, alors qu'il milite pour l'emploi du téléphone comme moyen moderne de transmettre les corrections de tir aux batteries de tir.
Ce travail actif dans le domaine technique militaire ne l'empêche pas de publier, en 1906, une étude sur le théorème de Pascal (ici).
En 1907, il devient directeur de l'école d'artillerie de Grenoble ; il y publie "Les Forces morales à la guerre".
Cet officier a la réputation d'être l'un des progressistes les plus brillants de l'armée.
En 1909, le général Brun lui confie le commandement du service de l'aviation militaire, en cours de création à Reims. Là, il met au point les techniques et les tactiques d'emploi de l'aviation d'observation.
Il prend ensuite le commandement du 3e Groupe d'Aviation à Lyon. De là, il est très rapidement rappelé pour continuer ses travaux à Vincennes. C'est d'ailleurs en cet endroit que germe en lui l'idée de fonder une section d'aviation d'artillerie.
Quand la Première Guerre mondiale éclate, le général Estienne est désigné comme chef de corps du 22e Régiment d'Artillerie basé à Belfort. Celle-ci fait partie de la division du général Pétain.
Lors de la bataille de Charleroi, l'artillerie, qu'il dirige de main de maître en coordination et grâce à des réglages de tir fournis par l'aviation, impressionne les troupes allemandes.
Cela n'empêche toutefois pas l'infanterie alliée de se faire décimer par le tir des mitrailleuses adverses.
Le 25 août 14, il prononce aux officiers de son régiment, une formule devenue célèbre : "Messieurs, la victoire appartiendra dans cette guerre à celui des deux belligérants qui parviendra le premier à placer un canon de 75 sur une voiture capable de se mouvoir en tout terrain"...